海警机构对犯罪嫌疑人发布通缉令的，可以商请公安机关协助追捕。
第四十一条 海警机构因办理海上刑事案件需要登临、检查、拦截、紧追相关船舶的，依照本法第十八条规定执行。
第四十二条 海警机构、人民检察院、人民法院依法对海上刑事案件的犯罪嫌疑人、被告人决定取保候审的，由被取保候审人居住地的海警机构执行。被取保候审人居住地未设海警机构的，当地公安机关应当协助执行。
第四十三条 海警机构、人民检察院、人民法院依法对海上刑事案件的犯罪嫌疑人、被告人决定监视居住的，由海警机构在被监视居住人住处执行；被监视居住人在负责办案的海警机构所在的市、县没有固定住处的，可以在指定的居所执行。对于涉嫌危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪，在住处执行可能有碍侦查的，经上一级海警机构批准，也可以在指定的居所执行。但是，不得在羁押场所、专门的办案场所执行。
第四十四条 海警工作站负责侦查发生在本管辖区域内的海上刑事案件。
市级海警局以上海警机构负责侦查管辖区域内的重大的危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、涉外犯罪、经济犯罪、集团犯罪案件以及其他重大犯罪案件。
上级海警机构认为有必要的，可以侦查下级海警机构管辖范围内的海上刑事案件；下级海警机构认为案情重大需要上级海警机构侦查的海上刑事案件，可以报请上级海警机构管辖。
第四十五条 海警机构办理海上刑事案件，需要提请批准逮捕或者移送起诉的，应当向所在地相应人民检察院提请或者移送。
第六章 警械和武器使用
第四十六条 有下列情形之一，海警机构工作人员可以使用警械或者现场的其他装备、工具：
（一）依法登临、检查、拦截、紧追船舶时，需要迫使船舶停止航行的；
（二）依法强制驱离、强制拖离船舶的；
（三）依法执行职务过程中遭遇阻碍、妨害的；
（四）需要现场制止违法犯罪行为的其他情形。
第四十七条 有下列情形之一，经警告无效的，海警机构工作人员可以使用手持武器：
（一）有证据表明船舶载有犯罪嫌疑人或者非法载运武器、弹药、国家秘密资料、毒品等物品，拒不服从停船指令的；
（二）外国船舶进入我国管辖海域非法从事生产作业活动，拒不服从停船指令或者以其他方式拒绝接受登临、检查，使用其他措施不足以制止违法行为的。
第四十八条 有下列情形之一，海警机构工作人员除可以使用手持武器外，还可以使用舰载或者机载武器：
（一）执行海上反恐怖任务的；
（二）处置海上严重暴力事件的；
（三）执法船舶、航空器受到武器或者其他危险方式攻击的。
第四十九条 海警机构工作人员依法使用武器，来不及警告或者警告后可能导致更为严重危害后果的，可以直接使用武器。