民办非企业单位的处罚，主要包括骗取登记处罚、八项违规情形处罚、违反其他法律法规的处罚、未经登记进行活动的处罚，具体如下。
第二十四条 民办非企业单位在申请登记时弄虚作假，骗取登记的，或者业务主管单位撤销批准的，由登记管理机关予以撤销登记。
第二十五条 民办非企业单位有下列情形之一的，由登记管理机关予以警告，责令改正，可以限期停止活动；情节严重的，予以撤销登记；构成犯罪的，依法追究刑事责任：
(一)涂改、出租、出借民办非企业单位登记证书，或者出租、出借民办非企业单位印章的；
(二)超出其章程规定的宗旨和业务范围进行活动的；
(三)拒不接受或者不按照规定接受监督检查的；
(四)不按照规定办理变更登记的；
(五)设立分支机构的；
(六)从事营利性的经营活动的；
(七)侵占、私分、挪用民办非企业单位的资产或者所接受的捐赠、资助的；
(八)违反国家有关规定收取费用、筹集资金或者接受使用捐赠、资助的。
前款规定的行为有违法经营额或者违法所得的，予以没收，可以并处违法经营额1倍以上3倍以下或者违法所得3倍以上5倍以下的罚款。
第二十六条 民办非企业单位的活动违反其他法律、法规的，由有关国家机关依法处理；有关国家机关认为应当撤销登记的，由登记管理机关撤销登记。
第二十七条 未经登记，擅自以民办非企业单位名义进行活动的，或者被撤销登记的民办非企业单位继续以民办非企业单位名义进行活动的，由登记管理机关予以取缔，没收非法财产；构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予治安管理处罚。
第二十八条 民办非企业单位被限期停止活动的，由登记管理机关封存其登记证书、印章和财务凭证。
民办非企业单位被撤销登记的，由登记管理机关收缴登记证书和印章。
第二十九条 登记管理机关、业务主管单位的工作人员滥用职权、徇私舞弊、玩忽职守构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
以上，摘自国务院《民办非企业单位登记管理暂行条例》
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