科学技术部、财政部、国家税务总局于2016年1月29日以国科发火〔2016〕32号文联合发布修订后的《高新技术企业认定管理办法》，自2016年1月1日起施行，原2008年版《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号）同时废止。修订后的办法共分五章二十三条，涵盖总则、认定条件与程序、监督管理及附则，进一步规范了高新技术企业认定标准、程序及监管要求，旨在推动国家科技创新体系建设。
（二）发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的；
（三）未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的。
对被取消高新技术企业资格的企业，由认定机构通知税务机关按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。
第二十条 参与高新技术企业认定工作的各类机构和人员对所承担的有关工作负有诚信、合规、保密义务。违反高新技术企业认定工作相关要求和纪律的，给予相应处理。
第五章 附 则
第二十一条 科技部、财政部、税务总局根据本办法另行制定《高新技术企业认定管理工作指引》。
第二十二条 本办法由科技部、财政部、税务总局负责解释。
第二十三条 本办法自2016年1月1日起实施。原《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号）同时废止。